作為太陽能光熱領域兩大平分秋色的應用系統，平板與真空管的性能各有千秋。
在防凍性能方面，平板太陽能集熱器本身無法防凍，溫度低于0℃的區域，集熱器及管路需考慮防凍。為避免這一問題，平板太陽能可采用恒溫混水閥，實現定溫出水，或采用循環水泵和在閉式集熱銅管中使用防凍液來進行溫差循環，采用防凍液的集熱系統甚至可以在零下35℃的低溫下提供澎湃的生活熱水。真空管太陽能集熱器采用雙層高膨硅玻璃真空保護，集熱器本身具有很好的防凍性能，但在溫度低于0℃的地區需考慮管路防凍，一般采用電伴熱帶防凍。
雖然在防凍性能方面，真空管集熱器比平板略顯優勢，但在解決夏季過熱問題上，真空管又不如平板集熱器。真空管集熱器本身和系統無法解決夏季過熱問題，在夏季高溫天氣，真空管的溫度高達80℃，既影響了使用壽命，又容易導致水溫過高引發的燙傷。而平板集熱器系統采用排空技術，集熱器中無介質，可很好地解決夏季過熱問題。
由于平板太陽能比真空管太陽能實際采光面積多30﹪~40﹪，因此在熱效率性能上，平板系統比真空管略高（平板52.5%，真空管47%）。由于平板的散熱面積大，保溫性能比真空管太陽能差，需要用水泵把太陽能集熱熱量及時轉移到水箱內保溫，有一定的耗電性，每日約在0.2~0.3度。真空管散熱面積小，可以360度跟蹤太陽能光，在冬天及多云等天氣條件下，性能比平板占優勢，但集熱面積利用率不如平板太陽能。
在是否結垢性能上，平板比真空管優勢明顯：平板式集熱器可排污，不易結垢；真空管下端密封，易形成水垢，造成熱水器效率降低熱效率，且易導致水位傳感器與電磁閥等電子元器件發生故障，使熱水器可靠性進一步下降。雖然如此，真空管熱水器的水垢很容易排除，直接倒出即可，而平板式是金屬管路，一旦由于水質差等問題產生水垢，將對管路造成嚴重影響。
在安全性上，由于真空管太陽能熱水器在建筑物落成后才進行安裝，熱水器高出建筑物原有避雷網，雷雨天使用存在安全隱患。除了外部原因，在內部自運行中，由于真空管與水直接接觸，玻璃耐冷熱沖擊能力差，容易造成玻璃管炸裂。另外，由于結構原因，類似緊湊式全玻璃真空管太陽能熱水器，出水口比水箱底部高，因此存在一部分“死水”，此水長期處于較溫暖環境，且水箱與大氣相通，容易滋生細菌及微生物，影響熱水水質，威脅人體健康。而平板式太陽能集熱器則不存在以上問題。
在其它性能方面，真空管與平板系統也各有優劣。空曬溫度：真空管250℃，適合高溫加熱系統使用，平板180℃，適合低溫加熱系統使用。承壓性：真空管承壓0.3Mpa以下，承壓性能差，系統運行壓力不易分配，運行效果差，易破碎；平板式承壓0.6Mpa以上，承壓性能好，系統運行壓力易分配，運行效果佳，使淋浴方便。光污染：由于真空管是光面玻璃所以有光污染問題，而平板采用布紋玻璃，無光污染問題。
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